Tendo perdido o pai quando criança, durante um exercício de guerra no Atlântico Norte, o ex-agente Cotton Malone decide investigar o que realmente aconteceu. Acaba descobrindo que seu pai estava, na verdade, em um submarino nuclear secreto em missão confidencial. Juntam-se a Malone as gêmeas Dorothea e Christl, também à procura do pai, morto na mesma embarcação. Na busca, ele descobre diários cifrados por um historiador que podem revelar um segredo de consequências aterradoras para a humanidade.