Os pinguins de Madagascar são capturados em uma missão que tinha como objetivo presentear o mais novo integrante da tropa, Recruta, em seu aniversário. Mas eles caem nas garras do temido Dr. Octavius Brine, que quer se vingar de todos os pinguins do mundo transformando-os em monstros. Os pinguins, junto com a agência Vento do Norte, liderada pelo agente Secreto, não medirão esforços para conter o Dr. Brine. Os pequenos vão se surpreender com essa comédia recheada de aventura!